Primele contacte ale Republicii Moldova cu Alianţa Nord-Atlantică au fost stabilite după declararea independenţei. La 20 decembrie 1991, la Bruxelles, a avut loc reuniunea Consiliului de Cooperare Nord-Atlantică (CCNA), creat în urma hotărârii reuniunii la nivel înalt a ţărilor membre ale NATO de la Roma din 7-8 noiembrie 1991.

La prima reuniune a CCNA a participat Ministrul Afacerilor Externe al Republicii Moldova. Scopul creării CCNA a fost de a institui un organism permanent de consultări între adversarii de altă dată în problemele primordiale de securitate general-europeană.

La 6 ianuarie 1994, cu ocazia reuniunii la nivel înalt a Alianţei Nord-Atlantice, la care a fost examinată iniţiativa americană „Parteneriatul pentru Pace”, Preşedintele Republicii Moldova a exprimat disponibilitatea ţării noastre de a adera la acest Program.

Presedintele Mircea Snegur semneaza documentul cadru de aderare la Parteneriatul pentru Pace cu NATO, 1994

Aderarea RM la PpP poate fi divizată în cîteva etape. Prima o constituie semnarea de către Preşedintele Republicii Moldova, Mircea Snegur şi a Secretarul General al NATO, la 16 martie 1994, a Documentului cadru al Programului „Parteneriatul pentru Pace”,Republica Moldova devenind a 12-a ţară semnatară şi a II-a din CSI după Ucraina.

Urmează etapa redactării documentului de prezentare, în baza căruia, în 1995, a fost elaborat Programul Individual de Parteneriat (PIP). PIP conţinea următoarele domenii de colaborare: controlul asupra armamentelor şi dezarmării, protecţia civilă, prevenirea şi soluţionarea situaţiilor de criză, planificarea şi desfăşurarea în comun a operaţiunilor de menţinere a păcii, pregătirea cadrelor şi alte aspecte de activitate militară.

În vederea realizării şi coordonării acestor activităţi, Ministerul Apărării al RM a delegat un ofiţer de legătură la Celula de Coordonare a Parteneriatului (în prezent Diviziunea Cooperare militară, MCD), cu sediul la Mons (Belgia). Odată cu adoptarea IPAP, domeniile de cooperare IPP au fost subordonate structurii Planului de Acţiuni.

La 29 mai 1997, la Sintra (Portugalia) a avut loc reuniunea CCNA, la nivelul miniştrilor de externe. Pornind de la necesitatea stabilirii unor relaţii noi cu partenerii de cooperare, NATO a propus transformarea CCNA într-o structură mai eficienta – Consiliul Parteneriatului Euro-Atlantic (CPEA).

În vederea coordonării cît mai efective a activităţilor pe linia NATO, la 16 decembrie 1997 a fost instituită Misiunea Republicii Moldova pe lângă NATO. În calitate de şef al Misiunii a fost desemnat Ambasadorul Republicii Moldova în Regatul Belgiei.

Tot din anul 1997, RM si-a extins colaborarea cu NATO si in domeniul stiintific.

Dialogul politic a continuat prin vizita de lucru a Presedintelui RM la Bruxelles (25-27 ianuarie 1998), in cadrul careia seful statului a avut intrevederi cu Secretarul General NATO si cu Secretarul General UEO.

Vizita de lucru la Chisinau a Secretarului General NATO in perioada 28-29 ianuarie 1998 a constituit o noua etapa in dezvoltarea raporturilor RM – NATO. Vizita a avut mai multe scopuri, printre care si evaluarea perspectivelor colaborarii Republicii Moldova in cadrul Parteneriatului pentru Pace.

Importantă a fost vizita preşedintelui V. Voronin la Cartierul General NATO la 28 iunie 2001 unde a fost semnat Memorandumul de înţelegere cu Organizaţia NATO pentru Menţinere şi Aprovizionare (NAMSO) privind cooperarea în domeniul logistic.

Urmare a acestui Memorandum a fost posibilă crearea în anul 2002 a unui Fond de afectare specială finanţat de ţările membre NATO destinat distrugerii unui lot de mine antipersonal şi muniţii cu termen expirat din dotarea Armatei naţionale, precum şi a unei cantităţi importante de combustibil rachetar de tip melanj. Proiectul a fost implementat de Agenţia NATO pentru Menţinere şi Aprovizionare tehnică (NAMSA).

Graţie acestui proiect a fost eliminat un pericol ecologic de proporţii şi realizate, înainte de termen, prevederile de bază ale Convenţiei de la Ottawa cu privire la interzicerea minelor antipersonal Astfel, Republica Moldova fiind printre primele state din regiune care a exclus acest tip de arme din arsenalele sale. Un alt proiect pe cale de realizare cu suportul financiar al Alianţei este şi cel al distrugerii stocurilor de pesticide interzise şi inutilizabile în Republica Moldova.

Acordul între Guvernul RM şi Agenţia NATO de aprovizionare şi întreţinere (NAMSA) cu privire la implementarea Fazei I a Proiectului SFP-981186 a fost semnat la 12 mai 2006 la Bruxelles. La 1 septembrie 2006, RM a adresat Alianţei solicitarea de a extinde pentru o perioadă de 2 ani (1 februarie 2007 – 31 ianuarie 2009) etapa II a proiectului ce presupune identificarea pesticidelor necunoscute. La 7 noiembrie 2006, a avut loc Conferinţa de lansare a proiectului, la care au participat conducerea RM şi oficiali NATO. De asemenea, a avut loc ceremonia oficială de deschidere a Laboratorului pentru identificarea pesticidelor necunoscute, pentru crearea căruia NATO a oferit RM un grant de 143 mii euro.

Faza I a proiectului fiind realizată, în prezent se depun eforturi pentru mobilizarea asistenţei ţărilor membre în vederea implementării etapei III a proiectului.

La 22 iunie 2011, a fost semnat Acordul de Implementare între Guvernul Republicii Moldova şi Organizaţia Alianţei Nord Atlantice pentru Întreţinere şi Aprovizionare (NAMSO) privind distrugerea pesticidelor şi produselor chimice periculoase în Republica Moldova. La 02 decembrie 2011, Parlamentul RM a adoptat Legea privind ratificarea Acordului menţionat, ceea ce va permite implementarea fazei a III-a a proiectului”.

Începând cu anul 2002 Republica Moldova este parte la Grupul de Cooperare în domeniul Securităţii în Sud-Estul Europei (SEEGROUP), aderînd la o serie de proiecte relevante în domeniu, precum SEESTUDY, SEECHANGE, SEESTAFF, SEEMAG.

O delegaţie condusă de şeful statului a participat la 28-29 iunie 2004 la Summit-ul CPEA/NATO de la Istanbul. Forul Alianţei a adoptat o nouă strategie a Parteneriatului Euro-Atlantic axată pe recentrare şi reînoire acordînd prioritate asistenţei ţărilor ce implementează Planurile de acţiuni: individuale (IPAP), privind crearea instituţiilor de apărare (PAP-DIB), de combatere a terorismului (PAP-T) etc. Strategia conţine referinţe favorabile la RM. Angajamentul NATO vizavi de cooperarea cu RM a fost reiterat în textul Comunicatului final al summit-ului Consiliului Nord-Atlantic (NAC) (p. 32).

La 7 iunie 2005, Preşedintele Republicii Moldova Vladimir Voronin a vizitat Cartierul General al Alianţei participînd la reuniunea NAC. În cadrul acesteia, a fost declarată intenţia ţării noastre de a adopta un Plan individual de Acţiuni al Parteneriatului (IPAP).

Drept urmare, Planul Individual de Acţiuni al Parteneriatului Republica Moldova – NATO, care marchează o etapă calitativ nouă în cooperarea dintre cele două părţi, a fost adoptat de către Consiliul Nord-Atlantic al Alianţei la 19 mai şi, respectiv, de Guvernul Republicii Moldova la 24 mai 2006.